Μετὰ τὴν πάροδο κάποιου χρόνου ὁ Μάρκος ἄρχισε νὰ αἰσθάνεται ἔνοχος γιὰ τὴν ἐξώμοση, γι’ αὐτὸ καὶ ἀναζήτησε κάποιον πνευματικό, ὅπου μὲ συντριβὴ ἀπέθεσε ὅλο τὸ βάρος τῶν ἁμαρτημάτων του. Μὲ τὴν βοήθεια τοῦ πνευματικοῦ του καὶ ἑνὸς Χριστιανοῦ ἰατροῦ, ὁ ὁποῖος ἔπεισε τὸν ἀγᾶ ὅτι ἡ Μαρία ἔπασχε ἀπὸ κάποια ἀσθένεια, ἀπὸ τὴν ὁποία μποροῦσε νὰ τὴν θεραπεύσει μόνο κάποια Ἑβραία στὴ Σμύρνη, ὁ Μάρκος ἔλαβε τὴν ἄδεια τοῦ ἀγᾶ, γιὰ νὰ συνοδεύσει τὴ γυναίκα του ὡς ἐκεῖ, μὲ τὴ ρητὴ ἐντολὴ νὰ γυρίσουν καὶ πάλι πίσω.
Ὅταν ἔφθασαν στὴ Σμύρνη ἐπιβιβάσθηκαν σ’ ἕνα πλοῖο μὲ προορισμὸ τὴν Τεργέστη. Ἐξ αἰτίας ὅμως κάποιων ἐμποδίων δὲν παρέμειναν ἐκεῖ, ἀλλὰ κατευθύνθηκαν στὴ Βενετία, ὅπου ἔλαβαν τὸ Μυστήριο τοῦ Χρίσματος καὶ τῆς Θείας Κοινωνίας, καὶ τέλος ἐνυμφεύθηκαν.
Τὰ γεγονότα αὐτὰ συνέβησαν τὸ 1792. Στὴ Βενετία δὲν παρέμειναν πολύ, ἀλλὰ περιπλανήθηκαν σὲ διάφορα μέρη, φοβούμενοι μήπως τοὺς ἀνακαλύψουν οἱ Τοῦρκοι. Ἐπειδὴ ὅμως πουθενὰ δὲν μποροῦσε νὰ εὕρει ἠρεμία ὁ Μάρκος, ἀποφάσισε νὰ ἐπιστρέψει στὸν τόπο τῆς ἀρνήσεως, γιὰ νὰ ἀποπλύνει καὶ μὲ τὸ αἷμά του τὸ ἁμάρτημά του. Ἐγύρισε λοιπὸν στὸ Κουσάντασι, ὅπου ἐπισκέφθηκε τὸν πνευματικό του καὶ τοῦ ἐγνωστοποίησε τὴν ἐπιθυμία του. Αὐτὸς τότε προσπάθησε νὰ τὸν ἀποτρέψει, λέγοντάς του πὼς τὸ μαρτύριό του ἴσως ἐπιφέρει πολλὰ δεινὰ στοὺς Χριστιανοὺς τῆς Ἐφέσου, διότι οἱ Τοῦρκοι ἦταν ἤδη ἐξαγριωμένοι ἐξ αἰτίας τῆς ἀνεγέρσεως νέου ναοῦ στὴν πόλη, ἀλλὰ καὶ τοῦ Μαρτυρίου τοῦ Νεομάρτυρος Γεωργίου τοῦ ἐξ Ἐφέσου, ποὺ εἶχε προηγηθεῖ († 5 Ἀπριλίου 1801). Ἐπείσθηκε λοιπὸν ὁ Μάρκος καὶ ἐγκατέλειψε τὸ Κουσάντασι. Κατέφυγε στὴ Χίο, ὅπου, ἀφοῦ προετοιμάσθηκε κατάλληλα μὲ τὴ Θεία Κοινωνία, ἐπαρουσιάσθηκε στὸ δικαστήριο καὶ ὁμολόγησε μὲ παρρησία τὴν πίστη του στὸν Χριστό. Ὁ δικαστὴς στὴν ἀρχὴ προσπάθησε μὲ κολακεῖες νὰ τὸν μεταπείσει, ὅταν ὅμως εἶδε ὅτι αὐτὸ δὲν ἦταν δυνατό, διέταξε τὴ φυλάκισή του. Ὁ Μάρκος ὑπέμεινε μὲ καρτερία ὄλα τὰ βασανιστήρια χωρὶς νὰ καμφθεῖ. Συνολικὰ ὁδηγήθηκε τρεῖς φορὲς ἐνώπιον τοῦ δικαστοῦ, ὁ ὁποῖος διαπιστώνοντας τὸ σταθερὸ φρόνημα καὶ τὴν ἀμετάθετη γνώμη του νὰ παραμείνει Χριστιανὸς διέτεξε τὴ θανάτωσή του.
Συγκινητικὴ ἦταν ἡ συμμετοχὴ τῶν Χριστιανῶν καὶ ἡ συνδρομή τους στὴν προετοιμασία τοῦ Μάρτυρος Μάρκου γιὰ τὸ μαρτύριο, μὲ νηστεῖες, δεήσεις καὶ προσευχές.
Πλῆθος κόσμου, ὄχι μόνο Χριστιανοὶ ἀλλὰ καὶ Τοῦρκοι καὶ Ἑβραῖοι, εἶχαν συγκεντρωθεῖ στὴν τοποθεσία Βουνάκι, ποὺ εἶχε ὁρισθεῖ γιὰ τὴν ἐκτέλεση τοῦ Νεομάρτυρος. Ἔτσι στὶς 5 Ἰουνίου τοῦ 1801, ἡμέρα Τετάρτη, ὁ Νεομάρτυρας Μάρκος ἐκτελέσθηκε δι’ ἀποκεφαλισμοῦ.
Πολλοὶ Χριστιανοὶ ἐπῆραν ὡς εὐλογία τεμάχια ἀπὸ τὰ ἀνδύματα, ἀλλὰ καὶ τὸ λείψανο τοῦ Ἁγίου δίδοντας ἀρκετὰ χρήματα στοὺς Τούρκους. Τέλος, ἐξαγόρασαν τὸ τίμιο λείψανο τοῦ Νεομάρτυρος, τὸ ὁποῖο εὐωδίαζε, καὶ τὸ ἐνταφίασαν κρυφὰ σὲ ἄγνωστο μέρος.
Στὸ
Συναξάριο τοῦ Ἁγίου σημειώνονται πολλὰ θαύματα ποὺ συνέβησαν μὲ τὰ
τίμια λείψανα, τὸ αἷμα, ἀλλὰ καὶ τὰ ἐνδύματα τοῦ Νεομάρτυρος.
Τὸ
Μαρτύριο τοῦ Ἁγίου Μάρκου συνέγραψε ὁ Ἀθανάσιος ὁ Πάριος, ἐνῷ Ἀκολουθία
πρὸς τιμήν του συνέταξε ὁ Νικηφόρος ὁ Χίος. Ἡ Ἀκολουθία αὐτή, ὅπως καὶ ὁ
βίος τοῦ Νεομάρτυρος, περιέχονται στὸ Νέον Λειμωνάριον. Ἐπίσης
ἐπανεκδόθηκαν τὸ 1930 καὶ τὸ 1968 στὸ Νέον Χιακὸν Λειμωνάριον.
Ἀπολυτίκιον. Ἦχος γ´. Θείας πίστεως.
Πᾶσαν εὔφρανας, τὴν νῆσον Χίον, Μάρτυς ἔνδοξε Μάρκε θεόφρον, ἀνάγκη ῥύξας λαμπρῶς
τὴν εὐσέβειαν, καὶ κατῄσχυνας τὴν πλάνην τὴν βέβηλον, ἐν τοῖς σοῖς λόγοις καὶ ἄθλοις
θεόσοφε. Ὡς οὗν ἔτυχες, οὗπερ ἐπόθεις ἀοίδιμε, μνημόνευε ἡμῶν τῶν εὐφημούντων
σε.
Κοντάκιον.Ἦχος πλ. δ´. Τῇ ὑπερμάχῳ.
Τοῖς παρεστῶσι τῇ σορῷ σου Μάρκε ἔνδοξε, καὶ προσκυνοῦσί σου πιστῶς τὰ θεῖα
λείψανα, τὴν τοῦ Πνεύματος πρεσβείαις σου δίδου χάριν, τὴν σκηνώσασαν ἐν
τούτοις καὶ ἐμμένουσαν, καὶ ἐκβλύζουσαν τὰ ρεῖθρα τῶν ἰάσεων, καὶ γὰρ ἔσχηκας
παῤῥησίαν πρὸς Κύριον.
Ἕτερον Κοντάκιον. Ἦχος γ´. Ἡ Παρθένος σήμερον.
Εὐφημεῖ σε ᾄσμασιν, ἀγαλλομένῃ ἡ Χίος, καὶ λαμπρῶς γεραίρει νῦν, τοὺς
θαυμαστούς σου ἀγῶνας, ἔσπευσας εἰς τὸ τεθνάναι· ὢ ξένον θαῦμα! ἔσπεισας τῷ σῷ
Δεσπότῃ ἱερουργήσας, τὸν σὸν αἷμα ὡς ἐπόθεις, Μαρτύρων κλέος Μάρκε Χριστοῦ Ἀθλητά.
Μεγαλυνάριον
Ἔχων παῤῥησίαν πρὸς τὸν Θεὸν, τῶν σοὶ προστρεχόντων, τὰ αἰτήματα συμπαθῶς, τὰ
πρὸς σωτηρίαν, δίδου ταῖς σαῖς πρεσβείαις, Μάρκε Νεομαρτύρων τὸ ἐγκαλλώπισμα.
Ἕτερον Μεγαλυνάριον
Χάριν τῶν ἰαμάτων παρὰ Θεοῦ, εἰληφὼς Παμμάκαρ, θεραπεύεις πάθη δεινὰ, δι᾿ ὃ τοῖς
ἐν πίστει, σὲ ἐπικαλουμένοις, θεράπευσον τὰ πάθη, ψυχῆς καὶ σώματος.