Ἡ Σύνοδος καταδίκασε τὸν μονοφυσίτη Πατριάρχη Ἀλεξανδρείας Διόσκουρο. Μετὰ τὴν καθαίρεση τοῦ Διοσκούρου, ἐξελέγη Πατριάρχης ὁ Ἅγιος Προτέριος (452 – 457 μ.Χ.), ὁ ὁποῖος διέπρεψε στὴ Σύνοδο καὶ ἔφραξε τὰ στόματα τῶν δυσσεβῶν αἱρετικῶν.
Ὅταν ὁ Ἅγιος ἐπέστρεψε στὴν Ἀλεξάνδρεια οἱ ὀπαδοὶ τοῦ Εὐτυχοῦς καὶ τοῦ Διοσκούρου προκαλοῦσαν στάσεις καὶ ρήξεις καὶ ἐμπόδιζαν νὰ κατέρχεται τὸ σιτάρι στὴν Ἀλεξάνδρεια μέσῳ τοῦ Πηλουσίου, μὲ σκοπὸ νὰ πεινάσουν οἱ κάτοικοι τῆς Ἀλεξάνδρειας καὶ νὰ στραφοῦν κατὰ τοῦ Ἁγίου. Ὅμως ὁ αὐτοκράτορας Μαρκιανός, κατόπιν παρακλήσεως τοῦ Ἁγίου, διέταξε τὴν διέλευση τοῦ σιταριοῦ διὰ τῆς Ἀλεξάνδρειας καὶ ἔτσι σώθηκε ἡ πόλη ἀπὸ τὴν πεῖνα.
Μετὰ τὸ θάνατο τοῦ Μαρκιανοῦ οἱ αἱρετικοὶ θρασύνθηκαν καὶ κατέφυγαν σὲ σατανικὲς ἐπινοήσεις, γιὰ νὰ ἐκπληρώσουν τὰ ἀσεβὴ σχέδιά τους καὶ νά ἐκθρονίσουν τὸν Ἅγιο. Ἐπικεφαλῆς αὐτῶν τέθηκε ὁ ἱερεὺς Τιμόθεος ὁ Αἵλουρος, ὁ ὁποῖος μὲ μύρια τεχνάσματα κατόρθωσε νὰ διεγείρει κατὰ τοῦ Ἁγίου Προτερίου τοὺς ἁπλοϊκοὺς μοναχοὺς τῆς Ἀλεξάνδρειας, περιερχόμενος κατὰ τὴ διάρκεια τῆς νύχτας τὰ κελιὰ τῶν μοναχῶν, λέγοντας ὅτι εἶναι ἄγγελος καὶ προτρέποντας αὐτοὺς νὰ μὴν ἔχουν κοινωνία μὲ τὸν Ἅγιο.
Οἱ μοναχοὶ παρασύρθηκαν καὶ προκάλεσαν μεγάλη ταραχὴ μὲ τοὺς αἱρετικούς, ἐκμεταλλευόμενοι τὴν ἀπουσία τοῦ στρατιωτικοῦ διοικητοῦ τῆς πόλεως Διονυσίου. Ὁ Ἅγιος ἀναγκάστηκε νὰ φύγει, ἀλλὰ ἐπανῆλθε στὴν Ἀλεξάνδρεια καὶ κρύφθηκε μέσα στὴν κολυμβήθρα ἐνὸς ναοῦ. Οἱ διῶκτες του τὸν ἀνακάλυψαν καὶ τὸν κατάσφαξαν μὲ ὀξεῖς καλάμους, τὸ ἔτος 454 μ.Χ., ἐνῷ ἀνεκήρυξαν Πατριάρχη τὸν Τιμόθεο. Τὸ ἱερὸ λείψανό του τὸ ἔδεσαν μὲ σχοινὶ καὶ τὸ ἔσυραν στοὺς δρόμους τῆς πόλεως. Τέλος, τὸ παρέδωσαν στὰ ζῶα καὶ τὸ ἐπίλοιπο τὸ κατέκαψαν. Καὶ ὁ νέος Πατριάρχης τολμοῦσε ὅλα αὐτὰ κατὰ τὴν διάρκεια τῆς Μεγάλης Ἑβδομάδας, χωρὶς αὐτὸ νὰ τὸν ἐμποδίζει νὰ τελεῖ τὶς Ἀκολουθίες τῶν Παθῶν τοῦ Κυρίου.
Ὅταν πληροφορήθηκε τὰ γενόμενα ὁ διάδοχος τοῦ Μαρκιανοῦ, αὐτοκράτορας Λέων ὁ Μέγας ὁ Θρὰξ (†
457 – 474 μ.Χ.) διέταξε νὰ δικασθεῖ ὁ Τιμόθεος ὁ Αἵλουρος κανονικὰ καὶ
νὰ ἐξορισθεῖ στὴ Γάγγρα. Ὁμοίως τιμωρήθηκαν καὶ ὅλοι ἐκεῖνοι ποὺ ἔλαβαν
μέρος στὸ φόνο τοῦ Ἁγίου Προτερίου. Ἀντὶ δὲ τοῦ καθαιρεθέντος Τιμοθέου,
Πατριάρχης ἐξελέγη ὁ Ὀρθόδοξος Τιμόθεος ὁ Σαλοφακίολος (460 – 482 μ.Χ.).
Ὁ Λέων ἐπέβαλε τὶς ἀποφάσεις τῆς Δ’ Οἰκουμενικῆς Συνόδου, ἐξεδίωξε τοὺς
μονοφυσίτες Ἐπισκόπους Ἀλεξανδρείας καὶ Ἀντιοχείας καὶ διόρισε
Ὀρθοδόξους στὴ θέση αὐτῶν.
Ἔτσι ἔζησε καὶ μαρτύρησε ὁ Ἅγιος Προτέριος καὶ ἡ μνήμη αὐτοῦ ἀνθεῖ στὸ βίο τῶν Ἁγίων τῆς Ἐκκλησίας.