Ο ναός της Παναγούδας (ή της μικρής Παναγίας) βρίσκεται νότια και παράπλευρα της οδού Εγνατίας και δυτικά του ναΐσκου του Σωτήρα, σε επαφή με το σωζόμενο ως τις μέρες μας Ελληνικό Γυμνάσιο. Είναι νεότερο κτίσμα, χωρίς ιδιαίτερο αρχιτεκτονικό ενδιαφέρον, αλλά συνδεμένο με την ιστορία της πόλης των νεώτερων χρόνων. Η παλιά γραπτή μαρτυρία για το ναό της Παναγούδας βρίσκεται σε κώδικα του έτους 1789, όπου αναγράφονται λογαριασμοί (κατάστιχα) της "εν Θεσσαλονίκη εκκλησίας της Γενεσίου της Θεοτόκου επονομαζόμενης Παναγούδας", που βρίσκεται στην Εθνική Βιβλιοθήκη Αθηνών. Το 1817 ο ναός καταστράφηκε ολοσχερώς από πυρκαγιά και κάηκαν μοναδικής αξίας κειμήλια, εκκλησιαστικά βιβλία και εικόνες. Διασώθηκε όμως ένας περίφημος "επιτάφιος" του 14ου αιώνα, που βρίσκεται στο Βυζαντινό Μουσείο Αθηνών. Το 1819 επισκευάσθηκε "εκ βάθρων" ο ναός της Παναγούδας μαζί με τους ναούς του Αγίου Κωνσταντίνου (στο Ιπποδρόμιο που κατεδαφίσθηκε), του Αγίου Αθανασίου, της Νέας Παναγίας (Μεγάλης Παναγίας) και του Αγίου Υπατίου (Παναγίας Δεξιάς, που επίσης κατεδαφίσθηκε). Κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας ο ναός της Παναγούδας υπήρξε μετόχι του Αγίου Όρους (προ του 1789) και -για ένα διάστημα- είχε στη δικαιοδοσία του και το μικρό ναό της Μεταμόρφωσης του Σωτήρα που βρίσκεται ανατολικά. Μάλιστα εκφράζεται η άποψη πως στον ίδιο χώρο υπήρχε η αναφερόμενη από τους περιηγητές Μονή της Παναγίας Γοργοεπηκόου, για την οποία κάνει αναφορά ο Ρώσος μοναχός Ιγνάτιος από το Σμολένσκ, που το 1405 επισκέφθηκε την πόλη.
Ακολουθεί φωτογραφικό υλικό (δεν είναι και πολύ καλό, λόγο το ότι οι εικόνες είναι παλιές δεν επιτρέπεται χρήση φλας.