Ἐξελέγη Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης καὶ ἀργότερα, ὅταν ὁ Πατριάρχης Κύριλλος ὁ Λούκαρις ἐξορίστηκε στὴν Τένεδο, ὁ Ἀθανάσιος ἀνῆλθε στὸν Πατριαρχικὸ θρόνο τῆς Κωνσταντινουπόλεως τὸ Μάρτιο τοῦ 1634.
Μετὰ ὅμως σαράντα ἡμέρες ἐκδιώχθηκε καὶ στὸν θρόνο ἐπανῆλθε ὁ Κύριλλος ὁ Λούκαρις. Ὁ Ἀθανάσιος ἔγινε καὶ πάλι Πατριάρχης τὸ 1651, ἀλλὰ μόνο γιὰ δεκαπέντε ἡμέρες ὅταν, ὑποκύπτοντας στὴν ἀντίδραση τῶν Μητροπολιτῶν, ἐξαναγκάσθηκε σὲ παραίτηση καὶ ἀπῆλθε στὸ Γαλάζιον καὶ ἀπὸ ἐκεῖ στὴ Ρωσία. Ἐκεῖ ἔγινε εὐμενῶς δεκτὸς στὴ Μόσχα καὶ τέλος κοιμήθηκε μὲ εἰρήνη στὴν πόλη τῆς Λούβνας.