Τὸ ἔτος 1566, ἐπὶ βασιλείας Ἰβὰν Δ’ Βασίλιεβιτς (τοῦ Τρομεροῦ), ἐξελέγη, μετὰ τὸ θάνατο τοῦ Μητροπολίτη Ἀθανασίου (1564 – 1566), Μητροπολίτης Μόσχας, ἀλλὰ ἀπομακρύνθηκε. Ὅταν, τὸ 1565, ὁ Κούρβσκι ἤθελε νὰ ἀνατρέψει τὸ θρόνο τῆς Ρωσίας, ὁ τσάρος Ἰβὰν θεώρησε ὅλους τοὺς ἄρχοντες κρυφοὺς ἐχθρούς του καὶ κατέφυγε στὴν πόλη Ἀλεξάνδροβκ, προτιθέμενος νὰ παραιτηθεῖ τῆς ἐξουσίας. Ἡ ἀγγελία αὐτὴ κατέπληξε τὴ Μόσχα, διότι ἡ ἀναρχία φαινόταν φοβερότερη ἀπὸ τὴν τυραννία, καὶ ὁ λαὸς ζήτησε τὴν ἐπάνοδο τοῦ τσάρου. Ὁ Ἰβὰν ἐπέστρεψε στὴ Μόσχα στὶς 2 Φεβρουαρίου 1565. Τὴν ἑπομένη συνεκάλεσε σύνοδο καὶ ἀποφάσισε τὴ σύσταση τῆς Ὀπρίτσνινα, σωματοφυλακῆς γιὰ τὴν ἀσφάλεια τοῦ ἴδιου καὶ τῆς ἐπικράτειας. Ἡ σωματοφυλακὴ αὐτὴ ποὺ ἦταν τυφλὸ ὄργανο τοῦ τσάρου, κατατρομοκράτησε τὴ χώρα.
Ὁ
Ἅγιος Φίλιππος ἀρνήθηκε νὰ εὐλογήσει τὸν τσάρο καὶ ἀντιτάχθηκε στὴν
βασιλικὴ αὐθαιρεσία καὶ τὶς βδελυρὲς πράξεις μὲ ἀποτέλεσμα νὰ
ἐκθρονισθεῖ, νὰ ἐγκλειστεῖ στὴ μονὴ Ὀτρὸτς τοῦ Τβὲρ καὶ νὰ δολοφονηθεῖ
στὶς 23 Δεκεμβρίου 1569 ἀπὸ ἄνθρωπο τοῦ τσάρου.
Τὸ
τίμιο λείψανό του βρέθηκε ἄφθορο καὶ τὸ ἔτος 1652. Ὁ τσάρος τῆς Ρωσίας
Ἀλέξιος Μιχαήλοβιτς τὸ ἐναπέθεσε στὸν καθεδρικὸ ναὸ Κοιμήσεως τῆς
Θεοτόκου Μόσχας, στὸ Κρεμλίνο.