Στό ἐσωτερικό της Μονῆς φυλάσσεται ἡ θαυματουργή εἰκόνα τῆς Παναγίας Χρυσοπηγῆς.
Σύμφωνα μέ τήν λαϊκή παράδοση, τά χρόνια τῶν Κουρσάρων στό μοναστήρι τῆς Παναγιᾶς τῆς Χρυσοπηγῆς, ζοῦσαν καλόγριες οἱ ὁποῖες συντηροῦσαν τήν μονή καί ζοῦσαν στά κελιά της. Σέ μιά ἐπιδρομή στό νησί, καί ἐνῶ οἱ περισσότερες ἀπό τίς καλόγριες τῆς πρόλαβαν νά φύγουν μακριά ἀπό τούς ἐπιδρομεῖς, μιά ἐξ΄ αὐτῶν ἔμεινε πίσω στήν μονή. Καταδιωκόμενη ἀπό τούς Κουρσάρους, ἡ καλόγρια παρακάλεσε τήν Παναγιά τήν Χρυσοπηγή νά τήν σώσει. Ἀνταποκρινόμενη στό κάλεσμα, ἡ Παναγιά χώρισε τόν ὅρμο στά δυό δημιουργώντας ἕνα σχίσμα, ρίχνοντας τούς ἐπιδρομεῖς στήν θάλασσα. Τό σχίσμα αὐτό εἶναι τό χαρακτηριστικό γνώρισμα τῆς Χρυσοπηγῆς ὅπου μιά λωρίδα θάλασσας χωρίζει τόν ὅρμο ἀπό τή στεριά.
Ἡ Παναγία Χρυσοπηγή ἔχει ἀνακηρυχθεῖ προστάτιδα τοῦ νησιοῦ ἀπό τό 1964 μ.Χ. καί στή Παναγία ἀποδίδονται πάνω ἀπό 35 θαύματα.
Ἡ κύρια ἐκκλησία εἶναι μία βασιλική μέ κυλινδρικό θόλο καί ἐσωτερικούς τοίχους πού σχηματίζουν μία ἡμικυκλική ἁψίδα. Τό δάπεδο εἶναι μαρμαρόστρωτο καί φέρει μία ἐπιγραφή μέ τή χρονολογία 1818 μ.Χ. Διαθέτει ἐπίσης ἕνα ὑπέροχο ξυλόγλυπτο τέμπλο.
Κανονικά ἑορτάζει τήν Πέμπτη μέρα μετά τό Πάσχα, ὅμως στή Σίφνο ἡ Παναγιά ἡ Χρυσοπηγή τιμᾶται πανηγυρικά τήν ἡμέρα τῆς Ἀνάληψης τοῦ Κυρίου, δηλαδή 40 μέρες ὕστερα ἀπό τό Πάσχα.
Ἀπολυτίκιον. Ἦχος δ΄.
Τήν θείαν εἰκόνα σου ὡς θησαυρόν ἀληθῆ ἡ Σίφνος κατέχουσα ἀγαλλιᾶται ἐν σοῖ, Παρθένε Πανάχραντε. Ταύτην γάρ ἐλυτρώσω, λοιμικής πάλαι νόσου, νῦν δέ ἠμιν βλυστάνεις, ὡς Πηγή Ζωοδόχος, τῆς σῆς Θεογεννῆτορ, εὐνοίας τᾶς χάριτας.