Στη θέση όπου μαρτύρησε ο Απόστολος Ανδρέας από τα πρώτα χριστιανικά χρόνια υπήρχε ναός προς τιμή του Αγίου. Ο ναός κτίσθηκε στο χώρο όπου υπήρχε το ιερό της Δήμητρας και δίπλα υπήρχε πηγή (μέχρι και σήμερα) που ονομαζόταν «πηγάδι του Αγίου Ανδρέου».
Ο Ναός εσωτερικά είναι περίφημη τρίκλιτη βασιλική, έργο του αρχιτέκτονα Λυσάνδρου Καυτάτζογλου. Είναι αγιογραφημένος με περίτεχνες και σπάνιες αγιογραφίες της Επτανησιακής Σχολής, οι περισσότερες είναι έργο του μεγάλου Κωνσταντινουπολίτη αγιογράφου και συγγραφέα Δ. Βυζάντιου. Το τέμπλο είναι έργο του 1885.