Ἡ ἀγάπη του πρὸς τὸν μοναχικὸ βίο ὁδήγησε τὰ βήματά του στὴ μονὴ τῆς Λευκῆς Λίμνης, ποὺ εἶχε ἱδρύσει ὁ ἀσκητὴς Κύριλλος. Λίγο ἀργότερα μεταβαίνει στὸ Ἅγιον Ὄρος, μὲ τὸ συμμοναστή του μοναχὸ Ἰννοκέντιο καὶ ἀσκητεύει στὴ «Σκήτη τοῦ Ξυλουργοῦ». Ὑπάρχει βέβαια ἡ πληροφορία ὅτι ἔμεινε γιὰ ἕνα μεγάλο χρονικὸ διάστημα στὴ μονὴ τοῦ Ἁγίου Διονυσίου τοῦ Ἁγίου Ὄρους, ἡ ὁποία ἐκείνη τὴν ἐποχὴ βρισκόταν σὲ μεγάλη ἀκμή.
Ὁ Ὅσιος Νεῖλος καὶ ὁ μοναχὸς Ἰννοκέντιος ἐπιστρέφουν στὴ Ρωσία περὶ τὸ 1480 μ.Χ. Ἡ ἀναζήτηση τῆς ἡσυχίας τὸν κάνει νὰ ἀποσυρθεῖ σὲ ἕνα μικρὸ ἐρημικὸ μέρος, λίγο μακρύτερα ἀπὸ τὴ μονὴ Λευκῆς Λίμνης, στὸν ποταμὸ Σόρα. Ἐκεῖ κτίζει καὶ ἕνα μικρὸ ναὸ πρὸς τιμὴν τῆς Δεσποτικῆς ἑορτῆς τῆς Ὑπαπαντῆς τοῦ Κυρίου καὶ ἐπιδίδεται στὸ θεωρητικὸ βίο καὶ τὴν ἀδιάλειπτη προσευχή. Ἀλλὰ καὶ ἐδῶ ὁ Ὅσιος Νεῖλος συνιστᾶ προσοχὴ καὶ διάκριση. Γνωρίζει ὅτι δὲν πρέπει νὰ μπεῖ κάποιος πρόωρα σὲ ἀνώτερες πνευματικὰ περιοχές. Γνωρίζει ὅτι κάθε μύηση στὴν πνευματικὴ ζωὴ πρέπει νὰ εἶναι προσεγμένη καὶ νὰ γίνεται προοδευτικά. Τὸ κύριο χαρακτηριστικὸ τῆς πνευματικότητας τοῦ Ὁσίου Νείλου εἶναι τὸ «μέτρο» στὴν ἀσκητικὴ ζωὴ καὶ ἡ διάκριση στὴ συμπεριφορὰ καὶ στὴ σχέση μας μὲ τοὺς ἄλλους ἀνθρώπους.
Ὁ βίος τοῦ Ὁσίου χαρακτηρίζεται ἀπὸ τὴν ταπείνωση. Εἶναι ὁ κὰτ’ ἐξοχὴν Ὅσιος τῆς κενώσεως, δηλαδὴ τῆς ταπεινῆς ἀσκητικῆς ζωῆς καὶ στάσεως.
Ἕνα ἄλλο χάρισμά του ἦταν ἡ ἀγάπη. Γιὰ νὰ εἶναι χρήσιμος στοὺς ἀδελφοὺς δεχόταν νὰ γίνει σαλός, ἀποκαλύπτοντας σὲ αὐτοὺς τὰ μυστικὰ τῆς πνευματικῆς ζωῆς.
Ὅμως ἡ ἁγιότητα καὶ ἡ θεολογικὴ κατάρτιση τοῦ Ὁσίου Νείλου ἑλκύουν τὴν προσοχὴ τῶν ἐκκλησιαστικῶν ἀρχῶν καὶ τῶν κρατικῶν παραγόντων. Τὴν ἐποχὴ αὐτὴ στὴν πόλη Νόβγκοροντ ξεσπᾶ ἡ αἵρεση τῶν Ἰουδαϊζόντων, οἱ ὁποῖοι μεταξὺ τῶν ἄλλων ἔλεγαν ὅτι τὸ 7000 ἀπὸ τὴ δημιουργία τοῦ κόσμου, δηλαδὴ τὸ 1492 μ.Χ., θὰ γίνει ἡ συντέλεια τοῦ κόσμου. Ὁ Ὅσιος βοήθησε τὴν Ἐκκλησία καὶ τὴν Πολιτεία νὰ μορφώσουν ὀρθὴ ἀντίληψη γιὰ τὴν αἵρεση καὶ νὰ τὴν καταδικάσουν.
Ἕνα ἄλλο θέμα ποὺ ἀντιμετώπισε ὁ Ὅσιος ἦταν αὐτὸ τῆς περιουσίας τῶν μονῶν. Ὁ Ἅγιος γνώριζε καλὰ τὸν μεγάλο κίνδυνο ποὺ ἀπειλοῦσε τοὺς μοναχοὺς ἀπὸ τὴ συσσώρευση πλούτου στὶς μονές, ἔστω καὶ ἂν ὁ πλοῦτος αὐτὸς δὲν ἀνῆκε στοὺς μοναχοὺς ἀλλὰ στὴ μονή. Τὸ θέμα συζητήθηκε σὲ Σύνοδο ποὺ συγκλήθηκε τὸ 1503 στὴ Μόσχα, ἀλλὰ φαίνεται ὅτι γιὰ ποιμαντικοὺς λόγους ἡ Σύνοδος δὲν υἱοθέτησε τὸ πνεῦμα τοῦ Ὁσίου Νείλου. Παρ’ ὅλα αὐτὰ τὸ πνεῦμα αὐτὸ τοῦ Ὁσίου ἐπηρέασε θετικὰ τὸ Ρωσικὸ μοναχικὸ βίο.
Τὸ
συγγραφικὸ ἔργο τοῦ Ὁσίου Νείλου εἶναι πολὺ πλούσιο. Τὰ κυριότερα ἔργα
του εἶναι ἀσκητικὰ καὶ ἀφοροῦν τὸν ἀσκητικὸ βίο καὶ τὴν ἐρημικὴ ζωή.
Ὁ Ὅσιος Νεῖλος κοιμήθηκε μὲ εἰρήνη τὴν Κυριακὴ τῶν Μυροφόρων τοῦ 1508.